Men nu er der nyt.
Hun blev fundet i god behold, skriver staten New Yorks politi i en pressemeddelelse.
De rapporterer også, at en mistænkt er blevet anholdt.
Pigen skal være fundet i et skab i en autocamper, der blev brugt som bolig af den sigtede, som nu er anholdt. Han skal være blevet afsløret og fundet efter at have forladt et krav om løsesum i Senas forældres hjem, hvor politiet skal have fundet hans fingeraftryk.
Cyklede i parken
Statspolitiet udsendte søndag morgen en såkaldt Amber Alert til Charlotte Sena. Amber står for "America's Missing: Broadcast Emergency Response".
- Barnet er taget under forhold, der får politiet til at tro, at den pågældende er i overhængende fare for alvorlig kvæstelse og/eller døden, lød det i ransagningskendelsen.
Kort før hun blev meldt savnet, skulle Sena have cyklet rundt i parken med nogle familievenner, inden hun tog afsted for at cykle på egen hånd.
Femten minutter senere - da hun ikke dukkede op igen - iværksatte familien en eftersøgning efter hende. Klokken 18.45 fandt de dog hendes cykel, men ingen tegn på Sena.
To minutter senere ringede moderen 911 for at melde hende savnet - og ved 19-tiden var politiet på stedet, rapporterede NBC News.
Hundredvis af mandskab har sluttet sig til eftersøgningen af Charlotte Sena, der forsvandt fra Moreau Lake State Park i Saratoga, upstate i weekenden
Helt ekstraordinært
I kombination med fingeraftryksanalysen af mobiltrafikken fra parkområdet førte det ifølge Hochul politiet til en bolig, hvor pigen befandt sig.- Det, der skete, var helt ekstraordinært, sagde guvernøren på et pressemøde mandag aften lokal tid ifølge NTB.
Sena blev fundet i hjemmet umiddelbart efter, at politiet ankom og anholdt manden.
- Hun vidste, hun var reddet. Hun vidste, at hun var i trygge hænder, siger Hochul.
Den ni-årige var med sin familie på campingtur og havde lørdag aften taget en tur på egen hånd på cykel i området.
Familien underrettede politiet, da hun ikke var vendt tilbage efter et kvarter. Hendes cykel blev derefter fundet på sporet, og politiet fik hurtigt mistanke om, at hun var blevet kidnappet.
Guvernøren siger, at hun er fuld af taknemmelighed over for politiet og alle, der deltog i eftersøgningen af den ni-årige, som nu er blevet genforenet med sin familie.