Tyfonen Wipha piskede onsdag morgen lokal tid forbi en ø, der ligger 120 kilometer syd for Tokyo og forårsagede oversvømmelser og jordskred.
Mindst 13 personer er dræbt under den tropiske storm, og landets politi advarer om, at dødstallet forventes at stige.
Tyfonen er blevet betegnet som den kraftigste i et årti, og den japanske tv-station NHK siger, at 50 personer fortsat savnes ud af øens 8300 beboere.
Flere af dem, der er døde under det kraftige uvejr, er blevet fundet i huse knust af jord, der er blevet revet løs fra bjergsider af regn og kraftig vind.
Lokale beboere søgte ly i evakueringscentre, og flere meldte ifølge lokale medier om beskidt vand, der er fosset ind i deres hjem. Billeder fra øen viser også ødelagte træhuse, der er halvt begravet i mudder.
Tokyo vil sende omkring 50 politibetjente til øen for at yde ekstra nødhjælp, skriver Jiji Press.
Millionbyen slap heller ikke for vejrfænomenet, for Tyfonen Wipha førte kraftige regnbyer og stærke vinde med sig centralt i Tokyo, hvilket forstyrrede morgentrafikken for hundrede tusindvis af beboere.
Derudover er flere end 400 flyafgange til og fra Tokyo blevet aflyst. De fleste af dem er indenrigsruter ifølge de japanske flyselskaber All Nippon Airways and Japan Airlines.
Aflysningerne vil sammenlagt ramme omkring 61.600 passagerer, oplyser flyselskaberne.
Se billederne nedenunder...
/ritzau/AFP