Foruden professoratet bliver Torkell Ellingsen specialeansvarlig overlæge ved Reumatologisk Afdeling C, Odense Universitetshospital. Han kommer fra en stilling som forskningsansvarlig overlæge ved Diagnostisk Center ved Regionshospitalet i Silkeborg, hvor han siden 2008 har været ansvarlig for den reumatologiske forskning og klinik for tidlig artrit (ledbetændelse). Han har desuden været aktiv i flere store danske multicenterundersøgelser.
Torkell Ellingsen har bred erfaring som underviser og vejleder for både medicinstuderende og ph.d.-studerende, kolleger under speciallægeuddannelse og studerende på den tværfaglige sundhedsfaglige kandidatuddannelse (cand.scient.san.). Han tiltræder som specialeansvarlig overlæge ved afdeling C og klinisk professor i reumatologi ved Syddansk Universitet den 1. september.